Le diagnostic se fait suite à l’historique des symptômes (antécédents d’abcès, suintement par intermittence)
A l’examen clinique on visualise un pertuis au niveau du périnée (orifice externe de la fistule).
A l’anuscopie l’orifice interne peut parfois être visualiser.
En cas de suspicion d’une fistule complexe, une résonance magnétique ou une échographie du canal anal peut être demander en préopératoire.