De diagnose wordt gemaakt op basis van de voorgeschiedenis van de symptomen (voorgeschiedenis van abcessen, intermittent vuilverlies sijpelen)
Bij klinisch onderzoek wordt een opening in de huid rond de anus waargenomen (uitwendige opening van de fistel) .
Bij anuscopie kan de inwendige opening soms gevisualiseerd worden.
Indien een complexe fistel wordt vermoed, kan preoperatief een magnetische resonantie of een echografie van het anale kanaal worden gevraagd.